Zur genaueren Untersuchung eines Objekts benutzt man entweder eine Lupe oder ein Mikroskop. Mit einer Lupe erreicht man meist nur eine Vergrößerung zwischen 3fach und 12fach, während das Lichtmikroskop bis zu 600fach erzielen kann, bei speziellen Präparationsmethoden wie der Ölimmersion auch bis zu 1 400fach. Für ein kontrastreiches und helles Bild wird das Objekt auf einem Glasplättchen (Objektträger) abgelegt, mit einem Deckglas bedeckt und von unten durchleuchtet. Abhängig vom Objekt wird die Beleuchtung mit der Blende und dem Kondensor geregelt und die Schärfe mit dem Grob- und Feintrieb eingestellt. Kontrastarme Objekte werden häufig mit Methylenblau oder einem anderen Farbstoff angefärbt. Für besondere Techniken gibt es spezielle Mikroskope (Phasenkontrast-, Polarisations-, Fluoreszenzmikroskopie). Werden z. B. Wasserproben mit kleinen Lebewesen untersucht, verwendet man auch spezielle Objektträger mit einer Vertiefung. Sind für ein Untersuchungsobjekt die Grenzen des Auflösungsvermögens im Lichtmikroskop erreicht, kann nur das Elektronenmikroskop weiterhelfen. Damit können aber keine lebenden Objekte untersucht werden, da im Gerät ein Vakuum herrscht.